Die Aare  ist der längste gänzlich innerhalb der Schweiz verlaufende Fluss. Sie ist zugleich der mit Abstand grösste Nebenfluss des Rheins. Die Gesamtlänge der Aare beträgt 288 km, das Gefälle 1565 m, ihr Einzugsgebiet 17.620 km² umfasst und der mittlere Abfluss beträgt 560 m³/s.

Die Aare entspringt den Aargletschern (Oberaar? und Unteraargletscher) im Grimselgebiet, einige Kilometer südlich von Guttannen, passiert Innertkirchen und durchquert die tief eingeschnittene Aareschlucht oberhalb von Meiringen im Haslital.

Bei Brienz mündet sie in den Brienzersee. Die Aare durchfliesst dann das sogenannte Bödeli, mit Interlaken als bekanntestem Ort. Danach durchquert sie den Thunersee, wo sie die Kander aufnimmt.

Bei Thun verlässt die Aare den Thunersee und fliesst durch das breite Aaretal zwischen Münsingen und dem Belpberg nach Bern. Im Belpmoos treffen die Gürbe und die Giesse zusammen und münden gemeinsam in die Aare. In Bern macht die Aare einen engen Bogen um die auf einem Geländesporn errichtete Altstadt. Mit einer seit dem Mittelalter bestehenden langen Staustufe, der Schwelle, wird ein kurzer Kanal, der Tych, abgeleitet. Wenig unterhalb umfliesst die Aare in ähnlicher Weise die Engehalbinsel, bevor sie im Wohlensee zur Stromgewinnung gestaut wird.

Nach der Einmündung der Saane bei Oltigen südlich von Aarberg fliesst die Aare durch den künstlichen Hagneck-Kanal und bei Hagneck in den Bielersee. Bei Nidau verlässt sie den Bielersee durch den Nidau-Büren-Kanal, so dass sie vor Büren wieder auf ihr altes Flussbett trifft. Die Strecke des ursprünglichen Flusslaufs zwischen Aarberg und Büren an der Aare, die sogenannte Alte Aare, bildet ein weites naturbelassenes Gebiet, das nördlich des Kanals um den weiten, bei der Flusskorrektion abgeschnittenen Altlauf im so genannten Häftli ergänzt wird. Die Aarestrecke von Nidau bis Solothurn ist ebenso wie der Bielersee schiffbar.

Zusammenfluss von Aare (von vorne rechts) und Hochrhein zwischen Waldshut (oben links) und Bahnhof Koblenz (rechts)

Von Büren an der Aare an fliesst die Aare in einer weiten Ebene, die durch Verlandung des so genannten Solothurner Sees am Ende der letzten Eiszeit entstand, dem Jura entlang in nordöstlicher Richtung durch Solothurn nach Luterbach, wo die Emme mündet. Sie fliesst an Wangen an der Aare, Bannwil, Aarwangen, Wolfwil, Murgenthal, Aarburg, Olten und Aarau vorbei und in einer klammartigen Klus durch Brugg. Dann nimmt sie kurz nacheinander Reuss und Limmat auf. Diese Gegend wird Wasserschloss der Schweiz genannt, da sich dort drei der wasserreichsten Flüsse der Schweiz vereinigen. Die Landschaft rechts der Aare zwischen Thun und Aarwangen gehörte seit dem Mittelalter zur Landgrafschaft Burgund. 60 Gemeinden in den Agglomerationen Aarau, Olten und Zofingen bildeten um 2005 eine regionale Partnerschaft unter der Bezeichnung Aareland rund um die Netzstadt Aarau/Olten/Zofingen.

Von Brugg an fliesst die Aare bei Stilli durch eine breite Klus im Jura nach Norden. Zwischen dem Ortsteil Felsenau der Gemeinde Leuggern und Koblenz (CH) gegenüber von Waldshut (DE) mündet sie in den Rhein. Die Aare ist mit 560 m³/s der wasserreichere Fluss (Rhein: 439 m³/s); aus hydrologischer Sicht ist also der Rhein ein Nebenfluss der Aare, nicht umgekehrt. Für die Strecke von Biel nach Koblenz benötigt die Aare eine Fliesszeit von rund zwei Tagen bei mittlerem Wasserstand.

Die Gebirgs- bzw. Höhenzugsbezeichnung Jura wird heute vor allem für den nordwestlich des Alpenkammes bzw. des schweizerischen Mittellandes liegenden Französischen Jura (französisch Massif du Jura) und den Schweizer Jura verwendet.

Diese bilden eine geologisch-tektonische Einheit und werden als Jura im engeren bzw. eigentlichen Sinne bezeichnet, mit dem sich dieser Artikel ausschliesslich befasst. Im weiteren Sinne gehören auch die Schwäbische und die Fränkische Alb zu den Juragebirgszügen, die sich vom Knick der Rhone südwestlich von Genf bis Coburg erstrecken.

Als Jurasüdfuss bezeichnet man den südlichen Rand des Juragebirges; dieser markiert die Zone des Überganges des Jura ins Mittelland. Die Schweizer Städte Genf, Morges, Yverdon-les-Bains, Neuenburg, Biel/Bienne, Grenchen, Solothurn, Olten, Aarau und Baden liegen in dieser Zone.

Entlang des Jurasüdfusses verläuft eine SBB-Eisenbahnlinie, welche unter anderem die oben aufgeführten Städte miteinander verbindet und den Namen Jurasüdfusslinie trägt. Im Gegensatz dazu gibt es die Mittellandlinie, welche ab Morges über Lausanne, Fribourg, Bern und Langenthal nach Olten führt.

Auch die Siedlungsgebiete am Jurasüdfuss haben zunehmend mit der Unbill des Klimawandels zu kämpfen. So trat z. B. in der Solothurner Gemeinde Bettlach im Sommer 2007 während eines starken Unwetters erstmals seit sehr langer Zeit der im Jura entspringende Dorfbach über die Ufer und entlud gewaltige Geröllmassen in das Siedlungsgebiet. Das schlimmste Ereignis dieser Art in dieser Region hatte sich allerdings bereits in den 1970er Jahren in der Nachbargemeinde Selzach zugetragen. Es war damals von einem eigentlichen Berg-Abbruch die Rede, der mit Glück keinerlei Todesfälle zur Folge hatte.